En 1999, proche de la Terre, un vaisseau de guerre extraterrestre endommagé sort d’un bon « folds » pour entre dans l’atmosphère de la planète. Dans sa chute incontrôlée, celui-ci détruit tout sur son passage, villes, paysage,. pour s’écraser finalement sur l’île d’Ataria du sud dans l’océan Pacifique. Avec la menace d’une invasion extraterrestre qu’a déclenchée se crash, l’humanité créa donc le Gouvernement des Nations Unis Terrienne et son armée, U.N. Spacy. Cependant, des conflits armés naissent un peu partout à travers le monde entier, il aura fallut huit longues années pour mettre fin à ces guerres. Durant cette période de conflit, le vaisseau extraterrestre fut baptisé Macross et reconstruit, une véritable vie s’organisa autour avec la construction d’une ville, Macross city . C’est en février 2009 que les réparations du Macross s’achèvent. Le jour de l’inauguration du Macross, dans une limousine un membre du gouvernement des Nation Unis et Bruno J. Global, le nouveau comandant du Macross, se dirigent vers le vaisseau. A ce moment sur le pont du Macross, l’opératrice Misa Hayase entre et se demande quand va se montrer le commandant Global. L’opératrice Claudia LaSalle croit qu’il a probablement but toute la nuit, et Misa commente que Claudia, elle a du passer toute la nuit avec le Major Roy Focker. Claudia se moque de Misa avec les sous-officiers de pont Shammy Milliome, Vanessa Laird et Kim Kabirov comme quoi Misa n’aime que ce vaisseau. C’est alors que Misa détecte un avion non identifié qui s’avère être piloté par Hikaru Ichijo, un invité de Roy, qui pertubera la demonstration de vol des nouveaux chasseurs variables “Valkyrie”. C’est une fois à terre c’est avec Roy qu’Hikaru vera pour la premiere fois une jeune fille de type Chinoise, Lynn Minmay. A ce moment dans l’espace, une flotte de vaisseau de guerre Zentradi apparait. Cette flotte est dirigée par Britai Kridanik comandant du vaisseau de classe Nupetiet-Vergnitzs. C’est alors qu’Exsedol Folmo informe son comandant, que le vaisseau cherché est sur la Terre, il est donc envoyé des vaisseaux de type Recon pour vérifier. Sur Terre, Roy profite d’un peu de temps pour montrer à son ami, un VF-1D et lui propose d’en faire un tour. Alors que le fonctionnaire de l’ONU fait son discours, Global est informé qu’un transporteur de l’UNS de type ARMD-1 a détecté plusieurs vaisseau sortant d’un bon “folds” pres de la lune. Sur ceux, Global quitte la scène juste au moment où il devait y faire un discours. Sur le pond du Macross, Claudia ne comprend pas pourquoi le vaisseau se prépare à faire un tire avec le canon principal.

Le canon principal envoie une vague d’énergie dans l’espace et détruit les deux vaisseaux éclaireurs Zentradis envoyés. C’est alors que le comandant Global éclate de rire se qui surprend l’équipage sur le pond, Global explique par la suite à Claudia et à Misa que s’était un piège, les Allemands faisaient la même chose durant la seconde guerre mondial. Il suppose que les Extraterrestres on envoyé le Macross en automatique avec un système d’attaque qui se déclenche en cas d’approche d’un ennemi. L’ennemi a donc la confirmation et sa presence sur Terre et ordonne de s’approcher. Le vaisseau terrien de type ARMD engage le combat en envoyant missiles et chasseur Lancer II. Malgré la destruction de plusieurs vaisseaux Zendradis, la ligne de défense de l’U.N. Spacy est détruite. Britai note que les forces qu’il combat ne font pas partie de l’armée de Supervision, et demande à Exedol quel genre d’armes ils utilisent. Sur le Macross, Misa rapporte à Global que les vaisseaux ARMD sont détruits. Roy laisse alors Hikaru, monte à bord de sont Valkyrie VF-1S et prend la tete de son escadrille. Un dogfight entre les Valkyries et les forces Zentradis commence. Britai en regardant la carte de l’île où se déroule la bataille, se fait la réflexion que cette civilisation est désorganisée et primitive, mais identifie bien le Macross comme le vaisseau de l’Armée de Supervision. Sur le lancé des vache, Hikaru assoupi dans le cockpit du valkyrie, est réveillé par un appel de Misa, qui lui ordonne de décoller immédiatement, ce qu’il fait. Une fois dans les aires, il se retrouve au milieu d’une féroce bataille aérienne. Mis en communication avec Roy quand Hikaru se fait attaqué, Roy vient alors à son secours et demande à Hikaru de rester à ces cotés. Mais malgré l’appui de Roy, l’appareil d’Hikaru est touché par un chasseur Zentradi et commence à piquer sur le Macross. C’est alors que Misa voyant la chute du VF-1D demande au pilote néophyte au valkyrie de passer en configuration B, ce qui déclenche une transformation de l’appareil durant la chute avant de s’écraser au sein de Macross City. Kikaru heureux d’être en vie mais surpris de voir que son chasseur et maintenant un robot géant.

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