Comme le Messiah d’Alto tombe du ciel, Brera observe tout depuis une position camouflée dans la jungle. Comme le radar Zentradi est détraquée, le deuxième commandant de bord est informé qu’ils ont détecté une explosion de type EMP. Grace demande à Sheryl de prendre ses médicaments, mais Sheryl refuse parce qu’il a mauvais goût. Quand elle décide de le prendre, le courant est coupé. Ailleurs, Alto est surpris de voir une super forteresse de type SDFN qui ressemble à celle de Macross SDF-1, et Ranka est submergé par un flot de souvenirs perdus qui remontent a la surface. Plus tard, ils volent à travers la jungle, Ranka s’excuse de ce qui s’est passé et explique que parfois les souvenirs reviennent subitement voir violament. Alto lui dit de ne pas s’inquiéter à ce sujet et que, si elle ne peut pas s’en souvenir, c’est probablement mieux ainsi. Le Messiah perd soudainement a nouveau son électronique, et Ranka s’inquiète d’être en mesure de revenir sur la flotte frontier. Alto dit qu’il ya un brouillage énorme dans la région, et il pense que la super forteresse Macross est la cause ou du moins la source. Comme ils marchent par la jungle humide et chaude, Ranka devient excitée quand elle voit une rivière. Michael dit que le New foldbooster en orbite n’a pas été utilisé a Sheryl, de sorte qu’Alto à surement été touchés par l’onde de choc de L’EMP. Michael prend la pilule Sheryl, qui est nommé 639 Witch Craft. Alto se lave la tête dans l’eau, et écoute les commentaires de Ranka, qu’il lui rappelle la première fois qu’ils se rencontraient. Ranka coiffe les cheveux d’Alto, et il répond qu’il ne sait pas si elle est timide ou courageuse. Elle dit que tout ce qui est arrivé, c’est en grosse parti grace à lui, parce qu’il est toujours la pour la protéger. quelque chose bouge dans les bois, et de l’Alto saisi son flingue. Réalisant qu’il accidentellement attrapé Ranka, il la lache de suite et reprend rapidement ses distances. Ranka se trémousse nerveusement sans vouloir expliquer a Alto quelle as un envie pressente, puis après l’avoir traité d’idiot, se jette dans les bois, alors il se demande pourquoi elle n’a pas dit qu’elle avait envi d’y aller tout simplement. Il l’entend crier, mais quand il arrive pour l’aider, elle est disparut. Sur le Macross quarter, Ozma entend que tout contact a été perdu avec Gallia 4. Klan klang suggère d’utiliser le new Foldbooster LAI à nouveau, mais Canaria dit que cela n’arrivera pas. Dans son bureau, Léon critique Luca pour agir sans consulter le gouvernement. Luca explique ses actions comme un moyen de recueillir des données sur le rendement pour la LAI de façon que les NUNS ne peuvent pas faire. Léon lui dit que ses actions menacent les relations entre le LAI et les NUNS. A Griffith Park, Nanase pense à Ranka comme elle se trouve avec la créature verte, qui est de plus en plus inquiéte. Sheryl s’habille en costume de pilote et insiste pour aller avec Michael, en dépit de ses objections. Vêtu de son EX-Gear, Alto analyse a la jumelle la super forteresse et détermine que c’est la classe Macross SDFN-4 Global, qui en plus a été le navire amiral de la 117eme flotte de recherche. Alto vole vers le Macross rapidement et discrètement, et Brera confirme à Grace Ranka est à l’intérieur du nid. Grace lui dit que Ranka est maintenant sa deuxième priorité de la mission. Elle ajoute qu’elle va préparer et armé le Mangeur de dimension et saute par-dessus d’une falaise.

Alto appelle à Ranka à la radio et ne reçoit pas de réponse. Il cherche à l’intérieur de Macross 4 global et se demande pourquoi il est là, si les Vajras ont détruit la flotte. Il scanne un terminal d’ordinateur et constate que ses données a été récemment supprimé. Il se rend compte qu’il est dans un laboratoire de recherche et trouve un petit spécimen de Vajra à l’intérieur d’un récipient en verre. Alto regarde et aperçoit une photo de Ranka, qui se brise quand il la touche. A proximité, Brera descend dans le nid et joue “Aimo” sur son harmonica, tout en se demandant pourquoi il se soucie tant de Ranka. Ranka se réveille à l’intérieur du nid après avoir un souvenir de sa mère chantant “Aimo.” Elle regarde autour et voit une grande quantité d’œufs Vajra. Alto localise un grand trou dans le sol, et Ranka l’appelle et lui dit qu’elle est dans une caverne avec des oeufs. Alto détermine qu’elle est à 420 mètres en dessous de lui, et il dit qu’il vient le plus rapidement possible. L’ approche de la grande reine Vajra fait crier Ranka et Alto vole vers le bas en foncant. En ce moment, Brera surgit dans la caverne et de suite attaque la reine avec son groupe de Vajras d’escorte. Alto arrive à la caverne et voit la situation du Lucifer et de Ranka. Brera détruit plusieurs petits soldat jaunes Vajra, et Alto tente de voler au-dessus de Ranka, mais elle devient prisonnière dans une bulle verte transparente, qu’il est incapable de percer. Les dommages que Brera fait a la reine Vajra, provoque a Ranka de la douleur et le ventre se met à briller. La reine Vajra explose ensuite, envoyant Alto projeté loin. Brera tire et fait son chemin sous l’eau, et le Macross commence à briller et semble plein d’énergie. Ailleurs, Grace active finalement le Mangeur dimension. Alto reprend son Messiah et décolle tout comme le Macross qui monte dans le ciel mais se révèle être disloqué en totalité, avant de révéler un navire Vajra dans ses entrailles. Une flotte entière de Vajra émerge du lac, et Alto est attaqué par le VF de Brera. Les deux se lancent dans un dog fight, et Alto tente de se soustraire à la traque aérienne de Brera. Il se place derrière Brera, mais Brera se transforme rapidement et se prépare à ouvrir le feu sans laisser une chance a Alto. Son fusil est alors détruit par Michael en mode sniper, et Alto dit à Michael que Ranka a été enlevé. Alto demande a Michael et Sheryl de sauver Ranka alors qu’il gère Brera. Brera continue à chasser Alto, mais Grace lui dit de revenir parce qu’elle a activer la bombe mangeuse de dimension. Comme le bras droit de Grace se modifié en plusieurs cables, et se connectant à l’interface avec le mangeur de dimension, elle pense à elle-même que la mort de la Fée Galactique et la destruction de l’unité Zentradi incitera une nouvelle vague de haine. Le corps de celle ci est emporté comme une plume dans le grand pli qui s’étend vite et détruit la base Zentradi. Alto, Michael et Sheryl ont réussit a atteindre l’orbite de Gallia 4 qui est englouti par la Bombe MDE. Dans l’espace, les navires Vajra commencent à faire leurs fold, et Michael s’agrippe a l’un deux de toute justesse. Alto continue de voler et tente de stimuler son VF-25 pour échapper a la bombe MDE. voyant le désastre planétaire il hurle son mécontentement, laissant derrière lui une planète détruite.