En l’an 2059, un demi-siècle s’est écoulé depuis la première Guerre spatial a été menée entre la Terre et les géants Zentradi. Dans l’espace profond, une navette avec ses passagers sors du fold et approche du Macross Frontier , le navire de défense de la flotte immigration super longue distance. L’un des passagers de la navette, la chanteuse Sheryl Nome est une grande idole, elle observe les navires de la flotte avec étonnement. A l’Académie Mihoshi, un groupe d”étudiant répète une scène de vol en ex gear. ils sont sur le toit, Alto Saotome et plusieurs autres élèves sont habillés en combinaisons de vol. Alto utilise les mains son ex gear pour faire un avion en papier sur une affiche Sheryl. Il raconte Luca Angeloni qu’il pourrait facilement faire plusieurs boucles pendant leur spectacle prevu pour le concert de cette derniere, mais Michael Blanc dit qu’il est trop dangereux et taquine Alto en l’appelant «princesse». Au-Nyan Nyan restaurant chinois, la serveuse Ranka Lee parle sur son téléphone slug à son frère, Ozma, qui dit qu’il a obtenu son billet pour le concert de Sheryl. Ranka se met à danser de joie et revasse, mais Nanase lui dit qu’elle ne doit pas rigoler, le patron a cuit du porc naturel et n’aime pas gaspiller. Au port spatial, des agents gouvernementaux dont Cathy, La communication dit au téléphone par le Président de Frontier Howard glass, que ça va être un gros problème si quelque chose arrive à Sheryl. Sheryl se plaint du décalage horaire et de la fatigue à son manager le belle Grace O’Connor, et ils sont bientôt accueillis par la presse. A l’école, tout le monde se précipite pour voir une vidéo de Sheryl sur l’ordinateur portable de Luca Angeloni, mais Alto prend l’avion en papier et il se lance dans l’air. Il obtient ensuite sur l’ EX-Gear la catapulte et prend son envol pour prendre en chasse et voler avec l’avion en papier. Il saisit ce dernier rapidement en vol et se dirige droit vers le dôme de l’ile principale Macross Frontier. Dans l’espace, un étrange créature sortant d’un fold fait briller ses yeux dans une ceinture d’astéroïdes.

Ranka descend dans le métro bondé et se dirige vers la salle de concert. elle ce Trouve coincé dans la longue file de spectateurs dans la rue, elle décide de prendre un raccourci. Luca se plaint des boucles qu’ Alto a coupés lors de leur performance au concert, mais Michael dit qu’il n’y a rien qu’ils puissent faire parce que le client ne veut pas quelque chose de dangereux. Ranka se promène dans une zone de la forêt et se rend compte qu’elle est perdu. Michael taquine Alto, et lui dit qu’il devrait faire mieux la prochaine fois, et l’appelle à nouveau princesse. Alto raconte à Luca qu’il veut voler dans un véritable Valkyrie, pas un jouet comme l’ex-Gear. Dans l’espace, un VF-171 Nightmare Plus détecte les signaux particuliers. Au bord de la CIC, le signal est perdu subitement avec le VF 171 radome. Ranka continue à marcher à travers la forêt et tombe sur le sol, un arroseur automatique la trempe complètement. Quand elle lève les yeux, elle est étonné à la vue de l’Alto se déshabiller, le prenant pour une fille au tout début. Il utilise EX-Gear et son moteur pour faire sécher les vêtements a Ranka, et elle lui dit qu’elle pensait qu’il était une femme parce qu’il est si beau. Un groupe de Ghost sans pilote sont envoyés pour enquêter sur le lieu de disparition du VF-171, mais les causes de brouillage électromagnétique, ceux ci n’arrivent plus à voler, et hors de contrôle vont s’écraser les uns les autres, ou finir abattue par les créatures. Alto et Ranka sortir du parc, et elle lui dit qu’il devrait venir au restaurant ‘Nyan Nyan. Elle se dirige ensuite vers le concert, et Alto se dit que c’est une fille étrange, mais pourquoi pas en souriant. Le concert débute mais pendant ce temps l’armée des NUNS n’arrive pas a contenir les créatures, et le president est contraint d’appeler la sociétée privé du SMS en renfort. Le concert est annulé et Shéryl est évacué par Cathy, sous les protestation d’ Alto, qui voit subitement les créatures entrés dans le dôme de frontier, et biensur poursuivi par un nouveau VF-25 du SMS, manque de chance le pilote se fait tuer, tandis que Ranka dans la panique se retrouve face a face avec une énorme créature. Alto prend son courage deux mains, et monte dans le VF-25 encore en état du pilote mort, et ouvre le feu sur la créature avec le gunpod.