Sur une colline couverte d’éolienne, une jeune fille est de dos, deux jeunes hommes se lance pour faire voler un avion a pédale en forme de ptérosaure. L’avion s’envol et en passant au dessus de la jeune fille sa casquette s’envole. L’avion monte dans les cieux Myung et Guld se précipitent vers la rambarde pour voir Isamu voler.

En 2040, un escadron de VF-11 Thunderbolt de l’U.N. Spacy est en prise avec des guerriers renégats Zentradi dans un champ d’astéroïdes. Le Thunderbolt piloté par Isamu Alva Dyson empêche un de ces ailiers de tuer un adversaire en se mettant en plein milieux de la ligne de tir. Isamu transforme alors son appareil en mode Battroid et ouvre le feu juste au-dessus d’un ailier et détruit un Nousjadeul-Ger Kai se trouvant juste derrière lui. Son coéquipier le traite de fou mais il repart à la recherche d’action. Il répond à un appel de détresse et détruit un Nousjadeul-Ger Kai avec la baïonnette de son gun pod ce qui projet le sang de son adversaire sur son Thunderbolt. Un autre Zentradi tir une salve de missiles, Isamu l’esquive facilement en re-transformant son appareil en chasseur, mais il est déçu que l’ennemi ai été si facilement vaincu. Plus tard, Isamu est réprimandé par son commandant pour son comportement dangereux et irresponsable. L’officier commence à énumérer plusieurs sites où Isamu pourrait être transféré, mais personne ne veut d’une tête brulée comme lui. Au lieu des mines ou satellites, il est question de l’envoyer au centre d’essai de New Edwards sur Eden. Le commandant dit à Isamu que le seul ennemi du pilote d’essai est lui-même, et qu’il est déjà son pire ennemi. Isamu serre vigoureusement le main de son commandant pour le remercier de cette bonne nouvelle et part pour Eden. Une semaine plus tard, Isamu s’approche d’Eden et commence à entrer dans l’atmosphère. A la base de New Edwards, Guld Goa Bowman pilote d’essai demi-Zendtadi se prépare au décollage du Variable Fighter expérimental YF-21, qui utilise une toute nouvelle technologie de contrôle par les ondes cérébrales, le BDI (Brain Direct Imaging). En utilisant ces pensés, Guld fait décoller le YF-21 après avoir fait un contrôle complet des systèmes, et se dirige haut dans le ciel. Isamu croise un appareil volant à très très grande vitesse et qui n’est pas détecté par son radar, il demande confirmation au centre de contrôle qui lui dit de ne pas en tenir compte.

Après son atterrissage, Isamu va se présenter suite à sa nouvelle affectation au responsable de la base, le colonel Millard Johnson. Le colonel entreprend alors un briefing et explique que l’U.N. Spacy organise une compétition pour sélectionner la nouvelle génération de Variable Fighter qui doit remplacer prochainement le Thunderbolt. Deux sociétés font partie du projet Super Nova : Shinsei Industrie avec son YF-19 et General Galaxy et son YF-21. Millard poursuit et explique que les nouveaux chasseurs seront en mesures d’effectuer des folds leur permettant de répondre rapidement aux problèmes dans une grande zone mais ils doivent aussi être polyvalents. Une fois se briefing fini, Isamu est immédiatement surpris pas le jeune ingénieur Yang Neumann père du YF-19 mais son attention est très vite redirigé vers Lucy Macmillan. Guld arrive pour faire son rapport sur le vol du jour à Millard, mais il est surpris de voir Isamu dans la salle. Il dit alors que se serai du gâchis de confier un appareil comme l’YF-19 à un pilote qui n’a aucune maitrise de soi. Isamu de colère frape du point une table et brise le panneau de verre qui la recouvrait. Plus tard, Guld examine les états de service d’Isamu, atteint de tremblement, Guld attrape des pilules qui une fois avalées le calme. Isamu se trouve aux commande du simulateur du YF-19, qu’il crash et met hors service, suite à son tour de manège il décide d’emmener Lucy faire un tour de moto. Sur le route, il entend une chanson et pense reconnaitre la voix d’une amie, mais Lucy lui dit que c’est impossible car C’est Sharon Apple, une chanteuse virtuel. En ville, la productrice que Sharon, Myung Fang Lone tient une conférence de presse en présence du propriétaire de la chanteuse Reymond Marley et le programmeur Marj Gueldoa. Guld à la base mange avec ces coéquipiers qui discutent sur la facilité avec laquelle leur équipe va gagner grâce au nouveau pilote du YF-19. Mais Guld leur dit qu’il ne faut pas sous estimer Isamu mais s’arrête net quand il reconnait la voix de Myung à la TV.

Myung arrive à l’Atlantis Dôme avec l’ordinateur de Sharon qui est accueilli par une foule de fans et de journalistes. A l’intérieur, les préparatifs pour le concert de Shraon commencent. Myung dans une sale de contrôle, travail sur le programme émotionnel de Sharon. Plus tard, elle quitte la salle de concert et prend un taxi. Lors de la course, comme dans tous les taxis, le chauffeur discute avec son client, il dit qu’il aurait bien aimé avoir des places pour le concert mais il n’a pas pu. Mais Myung fait la remarque que la ville a beaucoup changée. Le chauffeur lui répond qu’elle a grandi trop vite, contrairement à la Colline aux Etoiles qui n’a pas changé. De son coté, Isamu mange un bout avec Lucy et lui demande quel est l’intérêt d’écouter des chansons venant d’une machine. Lucy lui explique alors que Sharon est bien plus qu’un ordinateur et lui demande comment il n’a fait pour ne pas la connaitre même au fin fond de l’espace. Isamu lui répond que même s’il avait eu les chansons de Sharon il ne les aurait pas écoutées. Isamu glisse son bras autour de la taille de Lucy et lui suggère de trouver un endroit un peu plus tranquille où ils pourraient revenir à la nature. Lucy dit qu’il n’y a pas beaucoup de lieu comme ça mais il y aurait la Collines aux Etoiles. Cette destination n’enchante pas Isamu mais Lucy lui dit que c’est l’endroit parfait. Myung regarde l’horizon depuis la Colline aux Etoiles, un oiseau vient se poser a coté d’elle, puis elle est surprise de rencontrer Guld ici. Elle lui dit que ça fait sept ans qu’ils ne sont pas vu et que maintenant elle est el productrice de la grande chanteuse Sharon. Guld lui dit qu’il est pilote d’essai à la base de New Edwards. Il demande à Myung si elle chante toujours, mais elle lui répond qu’elle y a renoncé et change de sujet. Guld la prend dans ses bras et lui dit qu’il va l’aider à oublier le passer.

Isamu et Lucy arrive à destination, Guld reconnait la voix d’Isamu. Guld choppe Isamu par le tee-shirt et le jette en arrière. Isamu énervé par le geste et les propos de son agresseur se prépare à la frapper mais Myung s’interpose et les arrête. Guld dit à Isamu qu’il ne va pas lui laisser faire du mal à Myung ou planter le projet. Myung dit à Isamu qu’il est préférable de l’oublier car elle n’est plus la même personne. Alors qu’elle s’en va, Isamu dit a Guld qu’il à bien l’intention de remporter le projet. Le lendemain, un nouveau teste commence pour Guld et son YF-21, Isamu lui pilote pour l’occasion un VF-11 équipé de booster. Au centre de contrôle, Millard donne l’objectif de la mission, des bombardiers lâcheront des drones qui tireront leurs missiles et le YF-21 devra les éviter. La mission commence et Guld calcule la trajectoire pour éviter tous les missiles. Isamu tente de suivre Guld mais les boosters ne sont pas suffisants pour rattraper le YF-21. Il perd un des deux réacteurs lors de la manœuvre et rend le contrôle de l’appareil assez difficile. Le centre de contrôle demande à Guld s’il est capable de détruire tous les drones, il répond que oui à 100% et Millard lance une nouvelle phase du test. Le YF-21 se lance dans une attaque, passe en mode Batroid et détruit un grand nombre de drone, mais Isamu se retrouve dans la ligne de tire de Guld, lache son dernier booster avant de se transformer a son tour en mode Batroid. Mais cette manœuvre énerve Guld et le rend furieux demandant à Isamu se qu’il fait. Soudain, Guld est pris d’un flash back où il voit Isamu et Myung l’aire traumatisée les vêtements déchirés dans une pièce sans dessous. C’est alors que le système de contrôle par la pensé s’emballe et fait tombé le YF-21 en chute libre. Isamu suit la chute et se permet de faire du l’humour sur l’appareil. Millard ordonne alors à Isamu de porter secours à Guld sinon il lui retire son autorisation de vol. Isamu plonge, transforme son appareil en mode GERWALK et se place sous Guld. Il arrive a ralentir la chute et porte le YF-21 sur son dos. Guld reprend ces esprits et se demande si il peut crasher l’appareil d’Isamu, il simule et applique son plan en faisant croire à une panne. Le YF-21 prend son s’écrase alors sur le VF-11 avant de pouvoir s’envoler alors que l’autre appareil plante le nez dans le sol et s’écrase. Dans la hangar, Isamu hurle sur Guld et lui demande s’il l’a fait exprès. Il accuse ouvertement Guld d’avoir provoqué ce crache, mais Guld d’une voix sur lui dit que se n’est qu’un accident.